参考答案:
1．人民检察院向人民法院移送案件的所有卷宗材料以及证据是错误的。现行刑事诉讼法将检察机关向人民法院移送的案卷材料限制在四个方面：一是起诉书；二是证据目录；三是证人名单；四是主要证据的复印件和照片。
2．人民法院应当至迟在开庭10日以前将人民检察院的起诉书副本送达被告人。本案中某区人民法院决定于1998年11月9日开庭，那么至迟应当在1998年10月29日以前将起诉书副本送达被告人，因此于1998年11月4日才将起诉书副本送达被告人违背了刑事诉讼法的规定。据此，人民法院应当将开庭时间顺延至1998年11月14日以后进行。
3．人民法院书记员高明以孙洪刚的高中同学李彤与其有利害关系为由，不允许其追加李彤为自己的辩护人是错误的。因为根据我国《刑事诉讼法》第32条的规定，每个被告人可以委托一至二名辩护人，下列的人可以被委托为辩护人：(一)律师；(二)人民团体或者被告人所在单位推荐的人；(三)被告人的监护人、亲友。当然，正在被执行刑罚或者依法被剥夺、限制人身自由的人、与本案犯罪事实有牵连的人以及担任本案的证人、审判人员、侦查人员、检察人员、翻译人员、书记员、鉴定人的，不得担任本案的辩护人。李彤不属于上述情况，他作为被告人孙洪刚的亲友，完全可以担任被告人的辩护人。
4．1998年11月7日，人民法院才向人民检察院送达出庭通知书，违反了刑事诉讼法关于人民法院应当于开庭3日以前将开庭的时间、地点通知人民检察院的规定。如果人民法院决
定于1998年11月9日开庭，那么通知人民检察院的时间应当在1998年11月6日以前。
5．书记员高明向孙洪刚的辩护律师江朋下达传票的做法是错误的。因为根据我国刑事诉讼法的规定，只有对当事人才能下达传票进行传唤，辩护人属于当事人之外的其他诉讼参与人，应当使用出庭通知书。而且通知辩护人出庭的时间也必须在开庭3日以前。就本案来说，应当在1998年11月6日以前将出庭通知书送达被告人的辩护人江朋律师。
6．根据刑事诉讼法的规定，对于公开审判的案件，应当在开庭3日以前先期公布案由、被告人姓名、开庭的时间和地点。人民法院决定于1998年11月9日开庭审理本案，其先期公告时间应该在1998年11月6日以前。本案中当天开庭，当天公告的做法是不符合审判公开原则的。
7．根据我国《刑事诉讼法》第180条的规定，我国刑事第二审程序中有权提起上诉的人员限于以下三种：其一，被告人、自诉人和他们的法定代理人。他们可以根据自己的意愿独立行使上诉权；其二，被告人的辩护人和近亲属。他们不具有独立的上诉权，而有条件地享有上诉权。即在征得被告人同意后，可以提出上诉；其三，附带民事诉讼的当事人及其法定代理人。他们并没有完全的上诉权，其上诉的内容范围受到限制，只有权就一审裁判中的附带民事诉讼部分提出上诉，这一上诉不需要征得他人同意，但无权涉及刑事裁判部分。公诉案件的被害人没有上诉权，因此某市中级人民法院根据被害人杨亦军父母的上诉适用第二审程序审理刑事案件是错误的。
8．某区人民检察院直接向某市中级人民法院提起抗诉不符合刑事诉讼法的规定。我国《刑事诉讼法》第181条规定：“地方各级人民检察院认为本级人民法院第一审的判决、裁定确有错误的时候，应当向上一级人民法院提出抗诉。”由此可知，人民检察院提起抗诉时，应当向上一级人民法院提出。但是在具体的诉讼程序中，我国《刑事诉讼法》第185条第1款规定：“地方各级人民检察院对同级人民法院第一审判决、裁定的抗诉，应当通过原审人民法院提出抗诉书，并且将抗诉书抄送上一级人民检察院。原审人民法院应当将抗诉书连同案卷、证据移送上一级人民法院，并且将抗诉书副本送交当事人。”因此，本案中，某区人民检察院直接向某市中级人民法院提起抗诉是不合法的，应当通过原审人民法院提出抗诉书。
9．我国《刑事诉讼法》第188条规定：“人民检察院提出抗诉的案件或者第二审人民法院开庭审理的公诉案件，同级人民检察院都应当派员出庭。第二审人民法院必须在开庭10日以前通知人民检察院查阅案卷。”本案中，某市中级人民法院决定适用第二审程序于12月2日公开审理此案，却于11月23日通知某市人民检察院，要求检察院派员出庭支持公诉。法院没有提前10日通知人民检察院查阅案卷，这当然是错误的。但人民检察院以错对错，拒绝出庭支持公诉也是违法的，不仅违背了《刑事诉讼法》第188条的规定，也违反了公检法机关“分工负责、互相配合、互相制约”的刑事诉讼原则。其补救做法是，人民法院将开庭日期推迟，以便人民检察院有足够的时间阅卷，做好出庭的准备工作。
10．某市中级人民法院在人民检察院不出庭的情况下，经书面审理直接作出判决的做法也是不合法的。我国《刑事诉讼法》第187条第1款规定：“第二审人民法院对上诉案件，应当组成合议庭，开庭审理。合议庭经过阅卷，讯问被告人、听取其他当事人、辩护人、诉讼代理人的意见，对事实清楚的，可以不开庭审理。对人民检察院抗诉的案件，第二审人民法院应当开庭审理。”这一条款规定了第二审法庭审理的方式有两种：一是开庭审理；二是不开庭审理。我国刑事诉讼法明确规定，第二审人民法院对上诉案件，应当组成合议庭，开庭审理，即传唤当事人和其他诉讼参与人到庭，进行法庭调查和辩论，然后评议、判决。这是一般原则，在该原则下又作了一项灵活性规定，即合议庭经过阅卷，讯问被告人、听取其他当事人、辩护人、诉讼代理的人意见，对事实清楚的，可以不开庭审理。也就是说，对犯罪事实清楚、证据确凿的案件，可以通过审查询问的方式进行审理，这种审判方式以全面审阅案卷为主，以讯问被告人，征求辩护人、诉讼代理人意见为辅，它是一种介于书面审与开庭直接审理之间的审判方式。它既可以弥补书面审理的不足，又可以减少开庭审理带来的一些实际困难，有利于提高工作效率，保证办案质量。当然，在这种情况下，第二审人民法院也可以开庭审理。
本案的部分关键事实是在二审程序中才予以查明的，因而某市中级人民法院应当采取开庭审理的方式作出判决。那种在公诉人不到庭的情况下，以书面审理的方式直接作出判决的做法显然是不合适的。
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