某水利工程施工项目经过招标，建设单位选定A公司为中标单位。双方在施工合同中约定，A公司将设备安装、配套工程和桩基工程的施工分别分包给B、C、D三家专业公司，业主负责采购设备。
该工程在施工招标和合同履行过程中发生了如下事件：
事件1：施工招标过程中共有6家公司竞标。其中F公司的投标文件在招标文件要求提交投标文件的截止时间后半小时送达；G公司的投标文件未密封。
事件2：桩基工程施工完毕，已按国家有关规定和合同约定作了检测验收。监理工程师对其中5号桩的混凝土质量有怀疑，建议建设单位采用钻孔取样方法进一步检验。D公司不配合，总监理工程师要求A公司给予配合，A公司以桩基为D公司施工为由拒绝。
事件3：若桩钻孔取样检验合格，A公司要求该监理公司承担由此发生的全部费用，赔偿其窝工损失，并顺延所影响的工期。
事件4：建设单位采购的配套工程设备提前进场，A公司派人参加开箱清点，并向监理机构提交因此增加的保管费支付申请。
事件5：C公司在配套工程设备安装过程中发现附属工程设备材料库中部分配件丢失，要求建设单位重新采购供货。
某实行监理的机电工程，建设单位通过招标选定了甲施工单位，施工合同中约定：施工现场的建筑垃圾由甲施工单位负责清除，其费用包干并在清除后一次性支付；甲施工单位将混凝土钻孔灌注桩分包给乙施工单位。建设单位、监理单位和甲施工单位共同考察确定商品混凝土供应商后，甲施工单位与商品混凝土供应商签订了混凝土供应合同。
施工过程中发生下列事件：
事件1：甲施工单位委托乙施工单位清除建筑垃圾，并通知项目监理机构对清除的建筑垃圾进行计量。因清除建筑垃圾的费用未包含在甲、乙施工单位签订的分包合同中，乙施工单位在清除完建筑垃圾后向甲施工单位提出费用补偿要求。随后，甲施工单位向项目监理机构提出付款申请，要求建设单位一次性支付建筑垃圾清除费用。
事件2：在混凝土钻孔灌注桩施工过程中，遇到地下障碍物，使桩不能按设计的轴线施工。乙施工单位向项目监理机构提交了工程变更申请，要求绕开地下障碍物进行钻孔灌注桩施工。
事件3：项目监理机构在钻孔灌注桩验收时发现，部分钻孔灌注桩的混凝土强度未达到设计要求，经查是商品混凝土质量存在问题。项目监理机构要求乙施工单位进行处理，乙施工单位处理后，向甲施工单位提出费用补偿要求。甲施工单位以混凝土供应商是建设单位参与考察确定的为由，要求建设单位承担相应的处理费用。
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